Bohnický hřbitov byl založen v roce 1906, šest let po zahájení činnosti léčebny v Bohnicích, tehdy známé jako Ústav pro choromyslné. Tato léčebna byla největší svého druhu ve střední Evropě. V období do roku 1921 měla kapacitu pro tři tisíce pacientů a zaměstnávala osmnáct set lidí.

Na počátku 20. století připomínal areál bohnické léčebny spíše malou vesnici, kde psychicky postižení pacienti pracovali na polích a sklízeli ovoce ze sadů. Dokonce zde docházelo k narození dětí, buď pacientky přicházely těhotné nebo otěhotněly během hospitalizace. Původně to byl malý dětský hřbitov uprostřed lesa, který se s časem proměnil v tradiční hřbitov. Sami pacienti zde vyráběli rakve a pohřbívali své spolupacienty. Každoročně bylo pohřbeno asi 80 pacientů, a v roce 1916 zasáhla léčebnu tyfová epidemie, která si vyžádala 640 životů pacientů. Kvůli infekčnosti bylo nebezpečné těla převážet jinam, a tak byli pohřbeni právě zde. Hroby byly označovány železnými destičkami a zaznamenávány v knize zemřelých.

Hřbitov také slouží jako místo posledního odpočinku pro mnoho vojáků, kteří padli během první světové války.

Nicméně, jihozápadní roh hřbitova na první pohled vypadá obyčejně, ale jeho historie znalým návštěvníkům vzbuzuje strach. Někteří uvádějí, že zde cítí neobvyklý tlak na krku nebo hrudi. Toto místo totiž pochovává duševně nemocné násilníky a vrahy, kteří často své oběti škrtili nebo dusili. Tito lidé byli označováni za nejhorší zločince své doby.

Na tomto hřbitově leží i vrah Pavlíček, který se v roce 1936 přihlásil k vraždě dvacetileté prostitutky Otýlie Vranské, jejíž tělo bylo nalezeno rozčtvrcené v cestovním kufru. Pavlíček se přiznal během jedné z terapeutických sezení a to vedlo k zahájení policejního vyšetřování. Bohužel spáchal sebevraždu oběšením během vyšetřování, a tak byl i on pochován na tomto hřbitově. Vražda Otýlie Vranské zůstala nikdy neobjasněná a zůstává jednou z nejzáhadnějších vražd v české historii. Navíc není jisté, zda Pavlíček byl skutečným pachatelem této vraždy.

Opuštěná, vyhořelá a polorozpadlá hřbitovní kaple lákala v minulosti v noci stoupence satanismu. Během 80. let byly na tomto místě prováděny sofistikované satanistické rituály, kterých se účastnila i Veřejná bezpečnost ve velkém rozsahu. Za kaplí se nachází márnice a podzemní chodba, v níž prý stále lze nalézt vápno. To bylo v minulosti využíváno nejen při pohřbech osob nakažených nemocemi, ale také při pohřbech sebevrahů.